2000-2010年间，基因组测序的主要目标是为模型植物和作物提供高质量的参考基因组。尽管全球的科学家们已解码了788个物种的遗传信息，但这仅仅代表了绿色植物多样性的一小部分。构建近乎完整的基因组、组装复杂基因组以及构建参考泛基因组是未来植物基因组测序中最大的挑战之一。通过纳米孔基因测序可以更容易覆盖复杂区域和结构变异区域，且获得的长片段之间可以有更多的交叉重叠区域，有利于快速组装获取正确的碱基顺序，得到短片段测序难以组装的重复序列等的准确序列，同时实现单核苷酸变异（SNV）的单倍体分型、结构变异及重复区域的表征。

基因组重测序是对已知基因组序列的植物物种进行测序，并在此基础上完成个体或群体分析。通过对该物种的不同个体或同一个体的不同组织进行基因组重测序，可从群体或个体水平全面挖掘基因组序列差异。由于植物的多倍性，往往基因组较大且结构变异巨大，相较于传统二代测序，纳米孔基因测序技术发挥长读长的优势，能够轻松跨越结构变异断点，同时对基因组覆盖更加完整均一，利用全基因组重测序技术有助于快速发现与植物重要性状相关的遗传变异，应用于分子育种中，缩短育种周期。

从转录组水平研究植物基因功能以及特定的生理学过程，可挖掘基因功能、了解植物发育机制、了解次生代谢产物合成途径、开发分子标记等，可在挖掘植物功能基因、改良与培训新品种、环境保护等多方面发挥重要作用。使用纳米孔长片段测序技术，更有利于提升复杂基因的覆盖度、获得完整准确的基因表达数据与结构信息。