构建完整的大基因组组装难度极大，尤其是针对重复序列及复杂区域。通过纳米孔基因测序可以更容易覆盖复杂区域和结构变异区域，且获得的长片段之间可以有更多的交叉重叠区域，有利于快速组装获取正确的碱基顺序，得到短片段测序难以组装的重复序列等的准确序列，同时实现单核苷酸变异（SNV，Single Nucleotide Variant）的单倍体分型、结构变异及重复区域的表征。

基因组重测序是对已知基因组序列的动物物种进行测序，并在此基础上完成个体或群体分析。通过对该物种的不同个体或同一个体的不同组织进行基因组重测序，可从群体或个体水平全面挖掘基因组序列差异。相较于传统二代测序，纳米孔基因测序技术具有长读长优势，理论读长可达Mb级，可轻松跨越大部分重复序列区域或者杂合区域，通过序列比对，可以找到大量的单核苷酸多态性位点（SNP），插入缺失位点（InDel）、结构变异位点（SV，Structure Variation）和拷贝数变异位点（CNV，Copy Number Variation)。通过生物信息手段，进一步分析不同个体基因组间的结构差异，同时完成注释，实现遗传进化分析及重要性状候选基因预测。

研究动物在进化、生长发育、免疫应答等方面的转录组信息，有助于理解动物各种生命活动规律的分子机制以及内在联系，获得的相应研究结果，在育种、抗病筛选、药物筛选、物种资源保护以及解决发育和进化相关生物问题等方面具有重要价值。使用纳米孔长片段测序技术，更有利于提升复杂基因的覆盖度、获得完整准确的基因表达数据与结构信息。